Diagnóstico del Coronavirus SARS-CoV-2 mediante PCR

La pandemia de COVID-19 hace que algunos términos como pandemia, PCR, test rápidos, falsos positivos y negativos, etc. hasta hace nada, poco conocidos, estén ahora en boca de todos. La rápida difusión que adquieren va más allá de los profesionales directamente implicados, es importante, por tanto, que información adecuada sobre estos conceptos y esta enfermedad llegue a todos lados. Con esta entrada que ha tenido la gentileza de elaborar el Dr. José María Molero, medico de familia del centro de salud San Andrés y miembro del GdT-semFYC en Enfermedades Infecciosas pretendemos que se entienda la importancia y dinámica de la conocida como prueba PCR, y de la toma de muestras para esta determinación analítica. En otras entras explicaremos, si es posible, las propiedades generales de una prueba diagnóstica, las pruebas serológicas basadas en la determinación de anticuerpos y alguna cosa más.

Diagnóstico del Coronavirus SARS-CoV-2 mediante PCR por Jose Mª Molero García.

La detección,  en muestras de pacientes de ácidos nucleicos por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real (RT-PCR),  es la técnica considerada de elección para diagnosticar la infección activa por del SARS-CoV-2.

Es la prueba más sensible y específica. El rendimiento de RT-PCR depende factores como el tipo de muestra, la habilidad en la toma de esta, de la etapa de la infección. Las muestras del tracto respiratorio superior (nasofaríngea u orofaríngea) tienen una elevada rentabilidad en pacientes ambulatorios.

La replicación en el tracto respiratorio superior es independiente de la bronquial y pulmonar y es máxima entre el 5º-7º día desde inicio de los síntomas.

No se disponen de demasiados datos sobre las diferencias en rentabilidad diagnóstica de las dos lugares donde tomar las muestras en el tracto respiratorio superior: nasofaringe u orofaringe, o las dos simultáneamente; tampoco hay unanimidad en la manera concreta de realizar estas tomas. Sera motivo de una próxima entrada del blog

Los infectados por el COVID-19 presentan en su mayoría una alta carga viral en tracto respiratorio superior, desde 2-3 días antes del inicio de los síntomas, alcanza la máxima concentración entre 5º-7º día y prácticamente desaparece al decimo día. Por este motivo la rentabilidad de la prueba RT-PCR en muestras del tracto respiratorio superior, en casos no graves, es máxima en la primera semana de los síntomas, decayendo mucho posteriormente.

Patrones temporales de excreción vírica

No obstante en algunos infectados, a pesar de la resolución clínica, el virus se puede detectar durante más de 10 días. En los cuadros clínicos más graves la carga viral es más  elevada y el tiempo de eliminación más prolongado (3 semanas desde inicio de los síntomas).

La RT- PCR se debería realizar ante  cualquier caso clínicamente sospechoso de infección por COVID-19. Un resultado positivo de la prueba RT-PCR, en un caso sospechoso de COVID-19 sintomático es indicativo de infección activa. Un resultado negativo, ante una elevada sospecha clínico-epidemiológica para SARS-CoV-2, obliga a repetir la RT-PCR en una nueva muestra. Los falsos negativos son debidos a la toma inadecuada, la pobre eliminación del virus o un retraso en el procesamiento prolongado. Si fuese de nuevo negativo la detección de IgM mediante una prueba serológica tipo ELISA confirmaría el diagnóstico.

Tanto en los casos leves como en los más graves, existe la posibilidad de una eliminación prolongada COVID-19 que se traducen en resultados positivos de RT-PCR mantenido en el tiempo, con cargas virales bajas, sin implicaciones clínico epidemiológicas. Este fenómeno puede deberse a la dinámica de eliminación del RNA viral a lo largo de la enfermedad.

Se han detectado casos de resultados positivos mediante RT-PC en muestras respiratorias, tras resultados negativos previos y curación clínica. El resultado positivo se ha obtenidos entre 4 -17 días después de test negativo previo. En ningún caso el resultado positivo se ha asociado empeoramiento clínico, ni al contagio de personas en contacto y su evolución clínica es benigna. Este fenómeno es considerado como reactivación para SARS-Cov-2, un estado de portador temporal de una pequeña carga viral, difícil de detectar o que se trate de un falso negativo. No parece tratarse de reinfecciones.

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